Conforme a norma, os dispositivos de proteção fusível ou disjuntor devem ser usados nos 2 pólos um no positivo e outro no positivo (disjuntor de corrente contínua bipolar).
Contudo, se seu sistema é pequeno e você tem problemas de custo, use em pelo menos um dos pólos. Neste caso eu analiso ou uso como regra o manual do controlador de carga para ver se o controlador tem negativo ou positivo comum. Ou seja, interligações compartilhados entre módulo, bateria, e carga. Se for negativo, eu ligo as proteções no positivo. Ou se o comum é positivo, eu ligo as proteções no negativo. Mas o correto e indicado é usar nos 2 pólos.